PBS를 없애는 것만으로는 부족하다. 임무·평가·인재·행정을 함께 다시 설계해야 한다

AI, 기술안보, 저성장·고령화가 출연연의 역할을 다시 묻는다

정책문서는 기술·경제·사회의 세 변화를 배경으로 제시한다. 기술 측면에서는 AI 발전이 경제·사회와 과학기술 연구방식을 동시에 바꾸고, 경제 측면에서는 첨단기술이 외교·통상과 안보를 좌우하는 전략자산이 된다. 사회 측면에서는 구조적 저성장과 고령화가 장기적 국가문제 해결능력을 요구한다.

이 환경에서 출연연은 더 이상 개별 부처의 수탁과제를 잘 수행하는 조직만으로 정의되기 어렵다. 전략기술 확보, 사회난제 해결, 국가 정책지원, 인력양성, 기업·지역역량 제고를 동시에 담당하는 국가 R&D 거점이라는 역할이 전면에 나온다.

경제는 5배, R&D는 10배 이상 커졌지만 과제중심 운영문법은 오래 유지되었다

정책은 이 변화가 추격국에서 선도국으로의 전환을 의미한다고 본다. 선도국형 R&D에서는 산·학·연이 같은 과제를 놓고 경쟁하는 것보다 역할을 나누고 장기 임무를 함께 수행하는 구조가 중요하다는 판단이다.

23개 출연연은 여전히 국가 연구성과의 큰 비중을 담당한다

2024년 결산 기준 23개 출연연의 재정규모는 5.15조원이다. 출연금 1.77조원(34.4%), 정부수탁 2.27조원(44.2%), 민간수탁 0.64조원(12.4%), 기술지원 0.11조원(2.0%), 기술료 0.12조원(2.4%), 기타 0.23조원(4.5%)으로 구성된다.

인력은 15,937명이며 연구직 10,268명, 기술직 2,019명, 행정직 1,839명, 기능직 1,812명이다. 2023년 정부 R&D 전체 성과 대비 출연연은 SCI(E) 논문 6,482편(14.2%), 국내 등록특허 3,238건(17.1%), 국외 등록특허 1,096건(38.7%), 기술료 수입 1,244억원(52.5%)을 차지했다.

컬러 TV에서 CDMA·KTX·SMART 원자로까지, 출연연의 정체성은 본래 임무형 집단연구에 가까웠다

희망퇴직의 70~80%가 20·30대라는 문제의식

정규인력 희망퇴직은 2020년 224명, 2021년 245명, 2022년 298명, 2023년 247명, 2024년 270명으로 제시된다. 2024년 연령 비중은 20대 32.2%, 30대 42.6%, 40대 16.3%, 50대 이상 8.9%다. 젊은 인재의 이탈이 단순 인사 문제가 아니라 연구시스템 경쟁력의 결과로 다뤄진다.

PBS, 보상, 행정, 법·거버넌스가 서로 악순환을 만든다

1999~2023년 과제 수는 1.4만개에서 7.2만개로 약 5배 늘었지만 물가변동을 고려한 과제당 규모는 약 3억원 수준에서 정체했다. 2014~2025년 23개 출연연 주요사업비의 연간 변동률 절대값 평균은 약 9.2%로 제시된다. 문제는 PBS 하나가 아니라 PBS와 파편화된 수탁구조, 수탁연동 인센티브, 부족한 지원인력이 결합한 시스템 효과라는 것이 정책문서의 진단이다.

폐지에 대한 기대와 우려가 동시에 존재한다

현장 의견은 PBS로 인해 과제 수주에 시간이 소모되고 장기연구가 어렵고 내부평가가 수주실적 중심으로 흘렀다고 지적한다. 반면 PBS 폐지 뒤에는 출연연이 고유연구만 중시해 산연 협력과 관계부처 협력이 약해질 수 있고, 개인의 다양성과 창의성이 축소될 수 있다는 우려도 제시됐다.

따라서 현장은 PBS 폐지와 함께 우수인재 인센티브, 연구근접지원 확대, 과기출연기관법 개정을 요구했다. 이 의견은 뒤의 세 전략이 단순 재정개편이 아니라 패키지로 설계된 이유를 설명한다.

전략기술, 난제, 정책·인재, 기업·지역이 출연연의 국가적 임무가 된다

기관별로 사업구조와 조직운영을 포함한 책임운영계획을 2026년 상반기 수립하도록 한다.

정책문서는 출연연이 국가현안 때 이미 임무형 역할을 수행해 왔다고 본다

국가전략기술 확보 사례로 KIST의 뉴로모픽 반도체 ‘뉴플러스’, 표준연의 양자직접통신, 생명연의 초소형 유전자가위를 제시한다. 지진관측망 54개소, KISTI 슈퍼컴퓨팅 기상서비스, 국보연 암호시스템도 사회문제 해결 사례다. Young Scientist는 2020~2024년 431명 중 392명(91%)이 취업했고, 출연연 패밀리기업은 2024년 12월 약 5,800개라고 제시한다.

코로나19 대응에서는 범용치료제 후보물질 기술이전, 항원·진단 지원, 20개국 7천대 항균·항바이러스 공조장치 보급, 마스크 약 200만장 분량 필터용 부직포 공급 등을 정리한다. 소재·부품·장비 대응에서는 N-Lab 25개 중 20개, N-Facility 11개 중 4개, N-Team 15개 중 7개를 출연연이 담당하고 7,500여 건의 중소·중견기업 지원을 수행했다고 제시한다.

인건비를 ‘따내야 하는 돈’에서 기관이 책임지는 기본조건으로 바꾼다

매년 종료되는 정부수탁과제의 재원을 연 4천억원씩, 총 2조원 규모로 기관출연금으로 전환하고, 2026년부터 기관출연금과 계속과제로 인건비 전액 지원을 시작하는 구상이다. 2030년에는 전체 예산의 80%, 소요 인건비 전체를 기관출연금으로 충당하는 목표를 제시한다.

초기에는 전략연구사업에 인건비·간접비를 계상해 인건비 운영 유연성과 기존 인센티브의 급격한 축소를 피한다. 기관출연금 확보와 인센티브 개편이 완료되면 인건비·간접비를 기관운영비로 분리하고, 장기적으로 수탁과제에서 현금 인건비 계상을 없애는 단계가 제시된다.

기관 자체수요와 정부·기업 수요를 하나의 사업유형에 억지로 넣지 않는다

전략연구사업은 외부가 RFP를 완성해서 주는 방식이 아니라, 정부·기업이 수요를 제기하고 출연연이 기술적 목표와 연구계획을 주도적으로 설계하는 혼합형 구조라는 점이 핵심이다.

운영위원회와 전략연구지원단이 수요와 기관기획 사이의 조정계층을 맡는다

운영위원회에는 출연연 기관장, 산업계 주요 협·단체, 관계부처 국장급이 참여한다. 전략연구지원단은 연구회 내에 설치하고 외부 전문가 중심의 개방형 구조로 운영하며, 기획조정·보완, 단계·최종평가, 성과 실용화·사업화까지 지원한다.

기관운영평가와 연구사업평가를 매년 단일체계로 통합한다

기존 기관운영평가 3년 주기와 연구사업평가 6년 주기를 통합해 매년 단일 평가체계로 운영하고, 다수·양적 지표보다 대표·질적 성과를 전문 평가단이 절대평가한다. 계획 자체에 대한 별도 평가는 폐지하고 경영공시 등 대외 공개로 대체해 전문가와 국민의 개방형 검증을 유도한다.

실적보고서는 기존 증빙 포함 1,000페이지 이상에서 30페이지 이내로 줄여 평가를 위한 서류작업을 줄이는 방향이다.

평가가 예산과 보상으로 이어지도록 환류를 강화한다

우수 등급 이상은 경상경비 증가율을 기준보다 0.5%p 높이고, 미흡 이하에는 0.5%p 낮추는 방안을 제시한다. 미흡·매우미흡 기관은 업무추진비 5% 감액, 매우미흡 기관은 기관개선계획서 제출이 추가된다. 양호 이상 기관에는 성과급·상여금을 연계한다.

기관평가 결과와 기관장 재선임 요건의 직접 연계는 폐지하고, 연임을 희망하는 기관장은 차기 공모에 참여하는 방식으로 바꾼다. 2014년 제도 도입 전 1999~2014년 연임 19건에서 도입 후 3건으로 급감했다는 근거를 제시한다.

기관 전체와 대표 연구진을 서로 다른 방식으로 보상한다

STAR는 Supreme Talent & Achievement Researcher의 약어다. 기술료 수입 중 연구개발 재투자 및 기관운영경비 일부를 추가 상여금이나 AI 등 희소 인재 유치수당으로 활용하고, 해당 비용을 총인건비 인상률 산정에서 제외하는 특례도 제시한다.

반대로 연구수당과 연구개발능률성과급처럼 성과와 무관하게 수탁규모에 연동되어 있는 기존 인센티브는 2026년 정책연구와 의견수렴을 거쳐 재편한다.

처우, 채용, 고경력 연구자 제도를 함께 손본다

출연연 전반의 처우개선을 추진하고, 동일한 전문활동을 하는 대학교수와 비교해 낮게 적용되던 외부강의료 기준의 상향을 검토한다. 박사후연구원 등 연구인력은 수시 특별채용을 확대하고, 블라인드 채용은 직무와 무관한 인적사항 보호를 유지하면서 심사위원에게 연구실적과 이름을 포함한 채용서류 원문 제공이 가능하도록 탄력적으로 운영하는 방안을 제시한다.

고경력연구자에 대해서는 2015년 도입한 임금피크제 폐지 검토와 우수연구원 제도 확대를 추진한다. 우수연구원은 책임연구원 7년 이상 근속, 개인평점 4.0 이상인 경우 정년을 61세에서 65세로 4년 연장하는 제도이고, 정년후재고용은 5년 이상 근속·평점 2.5 이상을 대상으로 최대 1~4년 재고용하는 방식으로 정리된다.

23개 출연연의 보수·직급체계를 전수조사해 기관 공통 보수체계 표준안을 마련하고 인센티브 개편과 연계한다.

연구지원직을 연구직의 파트너인 전문직으로 재정의한다

연구관리, 연구장비 운영, 실험실 안전, 연구비 관리, 사업화, 정보보안·연구보안이 전문화되는 상황에서 연구행정·지원직에 별도 직종·칭호와 경력경로를 마련한다. 문서는 Staff Scientist를 예시로 든다.

기관별 공통행정 기능은 연구회 중심으로 전문화하고, 연구회-출연연 행정직의 인력교류를 활성화해 작은 기관도 전문 서비스를 이용할 수 있도록 한다.

GPU 공동활용은 연구행정 혁신과 AI 연구기반을 잇는 구체적 사례다

각 출연연·개별 연구자가 GPU를 따로 구매해 활용률과 보유현황 관리가 떨어지는 문제를 지적하고, 모든 기관의 고사양 GPU를 통합 관리하는 구상을 제시한다. 기관별 GPU 지분율에 따라 집적 자원을 우선 할당하고, 야간 등 미활용 자원은 다른 기관이 사용한다.

장기적으로 전산 인프라 통합은 단순 비용절감보다 GPU 공동활용·연구데이터 통합분석·보안·안정성을 묶은 출연연 공통 AI 연구기반으로 확장된다.

2004년 이후 유지된 법률체계를 임무형 연구기관에 맞게 다시 설계한다

과기출연기관법 전부개정을 통해 공공기관 지정해제 취지에 맞는 조직·인사·예산 자율성 원칙, 인력개발·우수인재 유치·개방형 혁신의 육성·지원 근거를 마련한다. 거버넌스는 과기정통부가 정책방향을 제시하고, 연구회가 기관 간 협력을 지원하며, 출연연이 임무와 역할을 수행하는 구조로 명확화한다.

연구회는 법에 적힌 기능과 책무를 중심으로 전략연구지원단과 공통행정 전문화 등을 수행하고, 의결기구인 이사회와 집행기구인 사무기구를 분리하는 방향을 제시한다.

정주·육아·보안도 연구시스템의 성능변수로 다룬다

1979년 연구자 정주여건을 위해 조성됐으나 2012년 이후 장기간 방치된 약 8천평 규모 공동관리아파트 부지를 해외 연구자 정주공간, 과학문화 공간, 연구회 운영공간으로 종합 개발한다. 예타 기획 2025년 하반기, 신청 2026년, 기본계획 2027년의 일정이 제시된다.

육아휴직 결원을 박사급 비정규직으로만 채우기 어려웠던 문제를 개선하기 위해 정규직 채용을 적극 권고하고, 외국인 방문 연구자 보안서약과 필요시 신원확인, 연구보안책임자 부원장급 상향, 국외출장·파견자 관리책임을 강화한다.

2025년 논의에서 2026년 실행으로 빠르게 이동한다

정책의 진짜 단위는 개별 과제가 아니라 기관 전체의 행동규칙이다

이 문서를 운영체제로 읽으면 기관출연금은 안정적 자원풀, 기본연구사업은 장기 capability 유지, 전략연구사업은 외부 mission demand와 연결된 포트폴리오, 운영위원회는 우선순위 결정기구, 전략연구지원단은 기획·평가·성과확산의 조정계층, 통합평가는 feedback sensor, 성과급과 STAR 상여금은 행동 유인, 연구행정·GPU 공동활용은 공통 인프라가 된다.

PBS 폐지 하나만 실행하고 나머지 연결고리가 움직이지 않으면, 수주경쟁은 줄어도 임무형 연구시스템이 자동으로 생기지 않는다. 문서가 평가·보상·행정·법까지 한 패키지로 묶은 이유다.

정책이 의도한 결과와 실제 행동 사이에 생길 수 있는 틈

출연연의 경쟁력은 ‘얼마나 많은 과제를 따는가’에서 ‘어떤 국가임무를 얼마나 깊게 해결하는가’로 이동한다

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