기관을 관리할 것인가,
국가 Capability를 관리할 것인가

정부는 mission을 소유하고 전문 운영주체는 laboratory를 운영한다

DOE는 장기간의 Management & Operating 계약을 통해 대학·비영리·기업 컨소시엄에 연구소 운영을 맡긴다. 장기적 관계를 유지하면서도 운영성과가 낮으면 contractor를 교체할 수 있고, 정부는 일상 경영을 직접 수행하지 않으면서 mission과 performance를 통제할 수 있다.

Los Alamos를 예로 들면 정부 자산인 연구소의 다수 직원은 Triad National Security LLC에 소속된다. DOE의 질문은 “Los Alamos가 연구를 잘했는가?”에 그치지 않고 “Triad가 정부의 Los Alamos를 제대로 운영했는가?”까지 확장된다.

평가가 실제 계약과 자원에 영향을 준다

DOE Office of Science는 scientific and technology performance뿐 아니라 management, facilities, safety, security, business operations를 함께 평가한다. 우수하면 performance fee와 계약연장 가능성이 커지고, 부진하면 fee 삭감·계약기간 불이익·장기적으로 재경쟁이 가능하다.

Savannah River National Laboratory의 새로운 M&O 계약은 5년 기본계약과 최대 5년 추가 구조로 경쟁되었고 Laboratory Vision, Key Personnel, Management & Operations, Past Performance, Transition Plan, Cost/Fee 등이 평가요소로 제시됐다. Lab을 없애지 않고 operator만 바꿀 수 있다는 제도적 선택지가 생긴다.

미국 Lab도 기관출연금 하나로 운영되지 않는다

DOE Office of Science, NNSA, Nuclear Energy, Energy program 등 program owner가 mission에 따라 예산을 배분한다. Solar Energy Technologies Office의 경우 예산 40~50%를 national labs에 배분하면서 Lab Call, multi-year program, industry collaboration을 활용하고 각 프로젝트에 objective와 milestone을 요구하는 사례가 제시된다.

즉 미국도 강한 program-based accountability를 갖는다. 다만 한국 PBS의 핵심 문제는 단순히 프로젝트 재원이 많다는 데 있지 않았다.

과제수주가 연구자 인건비와 조직운영을 지탱할 때 mission이 짧아질 수 있다

한국 PBS에서는 외부 정부수탁을 통해 연구비뿐 아니라 자신의 인건비와 조직운영 재원까지 확보해야 하는 유인이 강했다. 그 결과 좋은 연구문제보다 과제확보, 기관의 10년 mission보다 개별 연구자의 2~3년 과제가 우선될 수 있었다.

PBS 폐지가 자동으로 mission 연구를 보장하지는 않는다. 전략사업을 중앙정부가 더 많이 지정하는 것만으로 끝나면 ‘연구자 중심 PBS’가 ‘중앙정부 중심 PBS’로 바뀔 수 있다.

기본연구 → 전략연구 → 예외적 정부수탁

2026~2030 개혁은 기관이 국가적으로 중요한 핵심임무를 정하고, 중장기 R&D roadmap과 portfolio를 구성한 뒤 안정적 예산을 바탕으로 전략연구를 수행하는 방향으로 재편한다.

그러나 미국이 Program Office → National Mission → Lab capability를 중심으로 움직인다면 한국은 여전히 Institution → Core Mission → Strategic Research Portfolio 비중이 크다. 잘못 운영하면 “ETRI 사업”, “KIST 사업”, “KRICT 사업” 같은 기관 silo가 강화될 수 있다.

Lab leadership이 아직 program office가 모르는 고위험 연구를 먼저 시작한다

연구자는 고위험 아이디어를 Lab leadership에 제안하고 내부 peer review를 통해 자체 투자를 받는다. 첨부자료는 FY2025에 DOE Labs 전체에서 2,648개 LDRD 프로젝트, 약 10.1억 달러가 집행됐고 FY2024 전체 lab cost base 대비 LDRD 비율은 약 4.22%였다고 정리한다.

LDRD는 일종의 National Lab 내부 Venture Capital이다. mission accountability가 강한 조직 안에서도 emergent technology, young investigator, high-risk/high-impact, interdisciplinary experiment를 위한 탐색공간을 보존한다.

한국 Post-PBS에서도 안정적 기관비의 일정 비율을 Director/Lab Discretionary Research Portfolio로 두는 것이 중요하다는 제안이 나온다. 핵심은 정부지정 전략연구와 연구자 자율연구를 대체관계로 만들지 않는 것이다.

기관 경영은 매년, 과학 mission은 5~10년, 매년에는 trajectory를 본다

한국은 2026년부터 연구사업평가와 기관운영평가를 합친 1년 주기 통합평가로 전환하고 ‘계획 대비 목표 달성률’에서 ‘국민체감형 대표성과’ 중심으로 바꾸는 방향을 제시한다. 결과는 기본사업 예산, 경상경비·업무추진비, 구성원 인센티브 등에 연계된다.

하지만 핵융합, 양자컴퓨터, AI semiconductor, 신약, scientific foundation model은 매년 breakthrough를 만들 수 없다. 따라서 annual management appraisal과 long-horizon mission evaluation을 분리해야 한다.

DOE Office of Science가 매년 Lab Plan에서 core capability, funding, infrastructure, human capital, emerging research directions를 점검하는 구조가 비교 기준으로 제시된다.

모든 Lab이 같은 연구를 해서는 안 된다

Fermilab은 particle physics, Princeton Plasma Physics Laboratory는 fusion/plasma, Argonne은 multiprogram science/HPC/materials, Oak Ridge는 neutron science/HPC/nuclear/materials, Los Alamos는 national security/nuclear/HPC처럼 각각 다른 core capability를 갖는다.

DOE Lab Planning Process는 연구소마다 “다른 National Lab과 무엇이 다른가?”를 묻고 core capability가 world-leading 또는 unique하며 DOE mission에 직접 관련돼야 한다고 본다. 한국도 여러 출연연이 AI·반도체·양자·바이오·로봇·에너지에 동시에 진입할수록 기관별 중복 연구가 전략기술 확대의 숨은 비용이 될 수 있다.

Post-PBS가 기관별 과제 대신 범출연연 공동목표를 만드는 방향은 이를 완화할 수 있다.

초대형 scientific infrastructure는 일반 R&D와 다른 관리문법이 필요하다

미국 National Lab은 accelerator, supercomputer, nuclear facility, neutron source, fusion facility 같은 대형시설을 운용한다. DOE Order 413.3 계열의 흐름은 Mission Need → Alternative Selection → Performance Baseline → Construction → Operations 같은 critical decision 단계로 구성된다.

첨부자료에 따르면 2026년 1월 DOE/NNSA는 contractor-operated Lab 및 nuclear site에서 최대 약 655억 달러 규모 80개 capital asset project를 관리하고 있었다. National Lab governance가 연구과제 관리뿐 아니라 scientific infrastructure portfolio management를 포함한다는 의미이다.

기술이전 건수보다 국가 capability에 접근하는 인터페이스가 중요하다

따라서 National Lab은 “정부가 돈을 주는 연구소”보다 산학연이 함께 사용하는 National Scientific Capability Platform에 가깝다. 한국도 총괄 TLO, 대형 기술이전, 딥테크 창업, 산학연 공동연구, 범출연연 협력을 강화하는 방향이지만 장기 KPI는 특허·기술이전 건수보다 국가 축적역량에 대한 접근성과 활용도로 이동할 필요가 있다.

더 많은 Lab authority, 그러나 독립 oversight는 남겨야 한다

DOE는 2025~2026년 오래되고 중복된 운영요건을 정리하고 Laboratory Director에게 권한을 더 위임하는 방향으로 전환한다. 인사·보수에서도 불필요한 사전승인을 줄이고 contractor 책임을 늘리면서 사후 audit을 유지하려 한다.

반면 GAO는 지나친 권한이양이 independent review와 federal oversight를 약화시켜 대형 프로젝트의 비용·일정 문제를 늦게 발견할 수 있다고 경고한다. Autonomy ↔ Accountability의 균형은 미국도 아직 해결 중인 문제이다.

숫자보다 재원 구조가 조직 행동을 결정한다

FY2025 미국 전체 FFRDC는 41개, R&D 지출은 318억 달러였으며 98.4%가 연방재원으로 정리된다. DOE·DoD·NASA·HHS가 FFRDC 연방 R&D 지출의 92.8%를 차지했다.

한국 NST 소관 23개 출연연의 2025년 총예산은 약 5조 2,894억 원, 정부출연금 37.3%, 자체수입 62.7% 구조로 제시된다. 자체수입에는 정부수탁 등 다양한 재원이 포함된다. 2026년에는 출연연 관련 약 4조원, 전년 대비 17.1% 증가, 약 5천억원 규모 전략연구사업 도입이 제시되고, 종료되는 정부수탁과제 재원을 2030년까지 단계적으로 기관출연금으로 전환한다는 방침이 소개된다.

안정재원 확대는 수단이고, capability 축적과 mission 성과가 목적이어야 한다.

미국: oversight 완화 + mission accountability / 한국: 안정재원 + mission accountability

그러나 결정적인 차이는 남는다. 미국은 “2035년까지 어떤 국가 capability가 필요한가, 어느 Lab·대학·기업이 무엇을 담당할 것인가?”라는 problem-centric 질문이 강하다. 한국은 “ETRI의 AI 임무는 무엇인가, KIST의 임무는 무엇인가?”라는 institution-centric 질문으로 쉽게 이동한다.

정부는 기관을 관리하기보다 국가가 필요한 Capability Portfolio를 관리하고, 출연연에는 그 Capability를 만드는 사람·예산·조직의 자율성을 최대한 부여하는 것이 제안의 핵심이다.

출연연이 정부과제를 많이 수행하는 기관에서 벗어나려면 세 가지가 동시에 필요하다. 첫째, 세계적으로 대체 불가능한 core capability가 있어야 한다. 둘째, 연구자와 기관장이 새로운 기회를 탐색할 자율 공간이 있어야 한다. 셋째, 국가 난제가 등장하면 여러 출연연이 하나의 virtual national lab처럼 움직일 수 있어야 한다.

이 관점에서 PBS 폐지의 성공 기준은 출연금 비중의 상승 자체가 아니다. Mission impact + Capability accumulation + Scientific excellence가 동시에 커지는지가 더 본질적인 기준이다.